Na obszarze Niemiec znajdują się liczne jeziora, którą większość skupia się w formie zwanej pojezierzami. Pojezierza występują na północnych nizinach kraju i są pochodzenia lodowcowego.
Największymi jeziorami są: Müritz, w północno-wschodnich Niemczech, największe jezioro Pojezierza Meklemburskiego o powierzchni 116,8 km², głębokości do 33 m. Innym jeziorem jest Schwerin.
Na przedgórzu alpejskim i w Alpach także znajdują się duże akweny, największym jest Jezioro Bodeńskie i Chiemsee.